Yunan mitolojisine göre, tanrıların tanrısı Zeus, Menderes Nehri kıyısında Tanrıça Leto'yu hamile bırakmıştır. Tanrıça Leto'nun ikizleri olmuştur: Apollon ve Artemis. Apollon'un oğlu Miletos da yıllar sonra büyük babası ile büyükannesinin seviştiği yeri bulmuş ve orada Milet kentini kurmuştur. Ülkesi'ni genişletmiş ve Karya adını vermiştir.Karya Kralı Miletos'un da ikizleri olmuştur. Erkeğe Kaunos, kıza Byblis adı verilmiştir. Büyüdüklerinde Byblis, erkek ikizine aşık olur. Bu aşk, kardeş sevgisinin çok ötesindedir. Kız kardeşinin yasak aşkına karşılık vermeyen Kaunos, yanına dostlarını alarak ülkesini terk eder. Güneye giden Kaunos, şimdi kendi adıyla anılan yerde yaşamaya karar verir.Kaunos'un gidişine üzülen Byblis, o kadar çok gözyaşı döker ki, hala Dalyan'da akan ve Calbis adı verilen pınarlar, o gözyaşlarından oluşmuştur. Hasrete dayanamayacak hale gelen Byblis, sonunda kendini bir kayadan aşağı atarak canına kıyar.
Tarihçi Ovidius da kentin kuruluşunu bu efsaneye bağlı kalarak anlatmıştır.Bu mitolojik efsane Anadolu'da günümüze kadar yaşamın bir parçası olarak varlığını sürdürmüştür. Anadolu'nun pek çok yerinde akrabalar arası aşklardan hala 'Kaunos aşkı' diye söz edilmektedir.Engebeli bir araziye kurulu antik kentte, görülebilecek başlıca yapılar şunlardır: Akropol (kale ve surlar), şehir surları, tiyatro, kilise, hamam, depo, çeşme, agora, stoa ve kent içi yolları, tapınaklar ve kutsal alan, liman ve mezarlık.  Bunun yanı sıra günümüze ulaşamayan askeri liman, tersaneler, spor merkezi, konutlar gibi yapılar ile henüz çıkartılmamış toprak altındaki eserler de düşünüldüğünde, antik kentin ne derece büyük  ve önemli  bir yerleşim alanı olduğun anlaşılır.  Kendi adına para bastıran Kaunos'un bir dönem bağımsız devlet olduğu, çevresindeki Pisilis (Sarıgerme'de), Sultaniye (Köyceğiz Gölü kenarında) ve çevredeki pek çok küçük antik kentin kendisine bağlı olduğu biliniyor.Kaunos'ta şimdiye kadarki kazılarda mimari eserlerin dışında çok sayıda heykel, heykel kaideleri, sikke, amfora, alınlık (diadem),  süs eşyaları, vazolar, kandiller, figürler, çanak ve çömlek bulunmuştur.Dalyan'ın hemen karşısında bulunan Kaunos'a 3 şekilde ulaşabilirsiniz. Kolay olanı, kral mezarlarının hizasından karşı kıyıya sandalla geçmek. Burada Dalyanlı hanımların sahibi olduğu sandallar bekliyor ve Dalyan Kanalı'nda karşıdan karşıya yolcu taşıyorlar. Bu yolu seçerseniz, karşıya geçtiğiniz yerde kral mezarlarını yakından görebilirsiniz. Hatta kapıaçıksa soldaki gruba tırmanabilirsiniz.Kaya mezarlarından 10 dakikalık bir yürüyüş sizi Kaunos'un üst girişine götürür.İkinci yol ise tekne ile arkeologlar evinin yanına gitmek. Buradan 5 dakikalık yürüyüşle yine üst girişe ulaşılır.Ücüncü yol ise tekne ile Dalyan Su Ürünleri Kooperatifi'nin büyük dalyanının yanındaki Kaunos'un alt giriş iskelesine gitmektir.Kaunos'ta gezebilecek yerleri gösteren panolar, ihtiyaçlarınızı karşılayabileceğiniz büfe, WC ve kafeterya bulunmaktadır. Gezmekten yorulursanız, antik tiyatronun basamak blokları arasında kök salmış asırlık zeytin ağaçlarının gölgesinde dinlenmenizi ve tarihi solumanızı öneririz.Kaunos'taki kazıları yöneten Prof. Dr. Cengiz Işık, "Kaunos" adlı kitabında kendisini Kaunos'ta kazılara 2 şeyin özendirdiğini, bunlardan birinin kral mezarları, diğerinin  ise kent surları olduğunu yazar. Surlar, Kaunos'un batısında antik limandan başlayıp, topoğrafik yapıya uyarak bazen keskin, bazen yumuşak dönüşler yaparak Balıklı Dağı'nın zirvesine kadar ulaşır. Bu surların, Kaunos'u karadan gelecek saldırılara karşı koruduğu anlaşılmaktadır.Anlaşılamayan ise binlerce yıl önce orada o surların hangi teknoloji kullanılarak yapıldığıdır. Yer yer genişliği 4 metreyi bulan surlar taşlar yontularak, birbirine geçirilerek harçsız olarak yapılmıştır. Surların yapıldığı bölge, çalışmanın zor olduğu sarp bir yerdir. Bu kayaların oraya nasıl taşındıkları, hangi teknoloji ile yontuldukları, metrelerce yüksekliğe nasıl çıkartılarak örüldüğü hala anlaşılamamaktadır. Bu surların üzerinde sadece bir kapı vardır.Kaunos'un bu en önemli tarihi eserleri, ören yerinden biraz uzakta olmaları yüzünden gezilememekte, Kaunos'a bir kaç saatliğine getirilen yaz konukları, bunları göremeden gitmektedirler.Kaunos'ta kale, kentin doğusundaki dik ve 152 metre yüksekliğindeki tepededir.  Bu tepeden bütün antik kent, Dalyan, İztuzu Kumsalı, Dalyan ve Akdeniz arasında uzanan deltanın tamamı, tarlalar, bahçeler ve ormanlar görülür.  Kalenin bulunduğu tepenin Doğu ve Güney yamaçları uçurumdur.  Kaleye antik tiyatronun yanındaki patikadan çıkılır. Kaleyi kuşatan çift sıra surların ilk defa MÖ 5. Yüzyıl'da yapıldığı belirlenmiştir.  Surlarda bulunan kapılar, mazgal delikleri ve siperlikler kalenin her çağda çeşitli onarımlar gördüğünü kanıtlamaktadır.Kaunos'tan günümüze uzanan, onun ihtişamını ortaya koyan eserlerden biri de tiyatrosudur. O devirde 5 bin kişilik muhteşem bir tiyatro. Doğu tarafından Akrapol tepesine yaslanmış tiyatro, plan olarak Helen tiyatrolarının geleneğini sürdürüyor.Antik tiyatro sahne, oyun yeri ve oturma sıraları olmak üzere 3 bölümden oluşuyor. 75 m çapında ve mükemmel akustik için 27 derecelik açı ile dairesel olarak yükseliyor. İzleyiciler bölümü, 8 merdiven ile 9 oturma dilimine ayrılmış. Her bir oturma dilimi 33 oturma sırasına sahip. Bu sıralar, bütün seyir bölümünü yatay olarak bölen yürüme koridorları ile iki bölüme ayrılıyor.Doğrudan yürüme koridoruna açılan beşik tonozlu iki geçiş var. Bu geçişler Roma dönemi karakteri taşıyor. Orkestranın önüne yerleştirilen sahne binası yan mekanları ile birlikte 38,5x10,40 boyutunda. Zamanında iki katlı imiş.Tiyatronun izleyici giriş tünelinin hemen solunda bir bölüm yıkılmıştı. Arkeologlar, bunun nedenini uzun süre aradılar ve sonunda buldular. Burada bir çeşme yer alıyordu ve su zamanla zemini zayıflatarak tiyatronun duvarının çökmesine neden olmuştu. Burası da onarılarak tiyatro daha da sağlam hale getirilecek.Bugün tiyatro, sahne ve bazı oturma sıraları hariç genelde iyi durumda. Bozulan sıralar ağaç oturaklarla düzgün hale getirildi ve binlerce yıllık antik tiyatro, zaman zaman muhteşem konserlere ev sahipliği yapıyor.Tiyatroyu ziyaret edenler, oturma sıralarının arasında kendiliğinden yetişen zeytin ağaçlarının gölgesinde tarihi soluyorlar.Ören yeri girişinden tiyatroya giden yolun sağında güzel bir kilise vardır. Buraya Büyük Kilise adı verilir.  Kaunos'ta bu kilisenin varlığı, buranın Roma döneminde de önemini koruduğunu göstermektedir. Bu kilisenin en önemli özelliği ise Anadolu'da bulunmuş ilk kubbeli kilise olmasıdır. Henüz başka bir örneği de yoktur.Kilisenin 5. Yüzyıl'da, ya da daha sonraki dönemlerde yapıldığı sanılmaktadır.  Bir giriş ve üç bölmeden oluşmaktadır. Giriş Batıda, kutsal yön Doğudadır.  Kilisenin çevresinde bulunan mezarlar ve eski binalar temizlenerek kilisenin yapısı ortaya çıkartılmıştır.Anadolu'da bulunan Roma hamamları içerisinde en iyi durumda olanlardan biridir.  Hamamda soyunma yeri, soğukluk, ılıklık, sıcaklık ve masaj   yeri, ısınma sistemi ve havuz gibi bölümler onarılmaktadır.  Hamamın en güzel ve etkileyici cephesi, bol pencereli olan Güney cephesidir.  Bu pencereler, kente ve limana hakimdir.Kaunos'ta bulunan yazıtlardan, hamamın doğusundan kiliseye kadar uzanan alanda bir spor okulunun varlığı biliniyor.  Burada güreş yapıldığı ve diğer sporlarla ilgili eğitim verildiği sanılıyor.  Geniş bir alanı kapsayan spor okulundan günümüze fazla bir şey kalmamıştır.Aklının ermediği, gücünün yetmediği her şeyi tanrısallaştıran ve onlara tapan antik çağ toplumları gibi Kaunoslular da çeşitli dönemlerde çeşitli tanrılara tapmışlardır. Tanrıları için kentin çeşitli yerlerinde tapınaklar, sunaklar ve kutsal alanlar kurmuşlardır. Son kazılar ortaya çıkartmıştır ki, çeşitli dönemlere ait tapınaklar bazen aynı yerde üst üste bulunmaktadır. Kaunos'ta bulunan bir yazıtta Apollon, Posedion, Artemis ve Aphrodite adları geçmektedir.  Herodot ise Kaunosluların yabancı tanrılara değil kendi tanrılarına taptıklarını yazmıştır.Kaunoslular, bazen bir taşa tapmışlar, bazen kılıçlarını çekip yabancı tanrıları kovalamışlardır! Bu konuda daha fazla bilgiyi aşağıda "Tanrı kovalayan bir toplum" başlığı altında okuyabilirsiniz.Kaunos'ta yeterince kazı yapılamadığı için şimdilik sadece bir agora bilinmektedir. Bu da şimdi Sülüklü Göl olan antik ticaret limanının hemen yanındadır.Kazılara başlanıldığından bu yana her yıl bir bölümü kazıldığı halde, henüz dörtte biri ortaya çıkartılabilmiştir. Kentin en hareketli yeri olduğu tahmin edilen bu bölgedeki kazılarda, çok sayıda anıt, yazıtlı blok ve heykel kaideleri bulunmuştur. Agoradaki heykellerin hiç biri bulunamamıştır.Liman Agorası'nın kuzeyinde 94 metre uzunluğundaki staoda pek çok anıt bulundu. Bunlardan tamamen mermerden yapılmış 2 metre yüksekliğinde ve 13 metre 20 santim uzunluğundaki Quintus Vedius Capito Anıtı en büyükleridir. Ailesi adına anıt yaptıran kişi Capito, Kanuos'un baş tanrısı Basileus Kaunios ve şimdi Sultaniye Kaplıcası'nın bulunduğu yerdeki Leto Tapınağı'nın rahibidir. Anıtın üzerinde heykeller de olması gerekirdi. Heykellerin anıta bağlantı yerleri görülmektedir ama heykeller bulunamamıştır.Staoda ortaya çıkartılan anıtlar arasında Şükran Anıtı, Bağış Anıtı, Licinius Murena Anıtı, Bağış Kumbarası ve Liman Çeşmesi dikkati çekmektedir. Liman Çeşmesi, Gümrük Nizamnamesi nedeniyle ayrıca önem taşımaktadır. Biz burada kısaca Şükran Anıtı'ndan söz edelim.Kaunos'ta ve başka yerlerde ele geçen yazıtlardan, yöredeki pek çok toplum gibi Kaunosluların da Rodoslulardan nefret ettiklerini öğreniyoruz. Staoda ortaya çıkan Şükran Anıtı'nda şöyle yazmaktadır:"İyilik ve yararlılığının karşılığı olarak Kaunos halkı bu heykeli Roma halkını temsilen dikti."Yani, Kaunoslular Rodoslulara karşı kendilerini koruyan Roma'ya teşekkür ediyor. Bu anıtın aynı, İÖ 188 veya 168'de Sisam Adası'nda da dikilmiş. 7 metre 40 santim yüksekliğindeki bu anıtın üzerinde ise Roma halkını temsil eden dev bir heykel yer almaktadır. Kaunos'ta anıt bulunmuş ama heykel ortada yoktur.1969 öncesi çalılıklar arsında dağınık vaziyette bulunan taşlardaki yazılarda "gümrük" kelimesinin geçmesi nedeniyle bunların bir gümrük binasının kalıntıları olduğu zannedilmişti. Daha sonra yapılan kazılar ve incelemeler sonucu, taşların anıtsal bir çeşmeye ait olduğu ortaya çıktı. Bu çeşme, eksik parçaları yenileriyle tamamlanarak tamamen ayağa kaldırıldı.İncelemeler sonucu bu çeşmeye suyun kuş uçumu 4 kilometre uzaklıktaki Ölemez Dağı'nın Deregözü mevkiinden geldiği belirlendi. Çeşmenin antik limana bakan batı yüzündeki bloklar ise Kaunos'un Gümrük Nizamnamesi yazılmış. Bu nizamnameye göre Kaunoslular, denizden ticareti arttırmak için çeşitli teşvikler uygulamışlar. Büyük bir ihtimalle bu nizamnamenin ilan edildiği dönemde Kaunos Limanı'nın önünde İztuzu Kumsalı oluşmaya ve kaptanlar limana girmekte nazlanmaya başlamış olmaları gerekir. Karadan ticaret ise teşvik edilmemiş.